배출권거래제도는 시장에 기반을 둔 규제방식이기 때문에 전통적인 규제방식에 비하여 매우 유연한 규제방법이라는 점이 특징이다. 배출권거래제 대상 업체들에게 온실가스 배출감소를 위한 재정적 인센티브와 배출감축 장소 및 시간과 관련된 유연성을 충분히 부여함으로써, 배출권거래제는 비용 대비 가장 효과적인 방법으로 온실가스 배출량 감축을 달성할 수 있는 제도라 판단된다.
배출권거래제의 또 다른 특징은 탄소의 가격발견이라고 할 수 있다.배출권거래제의 거래기능을 통하여 배출권의 가격이 형성되는데, 이는 그동안 아무런 가치가 부여되어 있지 않던 온실가스 감축행위에 대하여 경제적인 가치가 부여되는 것이다. 결국 배출권거래제를 통하여 온실가스 감축 노력이 돈으로 교환됨에 따라 규제대상자들로 하여금 감축 노력의 동기를 부여하고 온실가스 감축기술 발전을 위한 투자를 유도함으로써 궁극적으로 기술혁신을 유인하는 장점이 있다.
배출권거래제도의 중요한 장점은 비용효율성,효과성(목적적합성),기술혁신조장 및 자율성이 있다.
첫째,비용효율성은 배출 감축비용을 최소화시키는 방안으로 시장의 힘을 활용하여 기업으로 하여금 가능한 한 적은 비용을 들여 오염배출량을 저감 하게 하고, 잉여배출량은 사고팔 수 있도록 유인하는 작용을 한다.
둘째,효과성(목적적합성)으로 오염총량의 직접관리를 통한 환경의 질 개선이 가능하다. 따라서 명확한 목표관리를 통해 정책의 효과 확보가 가능하고 정책시행의 사후평가가 용이하다.
셋째,오염배출량을 저감 할 수 있는 기술혁신을 위한 동기를 부여한다. 또한 배출권거래제도는 배출허용총량 및 이에 따른 배출권량의 점진적인 감소를 포함하고 있는바,이러한 배출허용량의 감소는 배출권 가격 상승을 초래하고, 결과적으로 오염원에 대하여 환경친화적인 기술개발을 하도록 동기를 부여할 것이다.
넷째, 자율성이다. 전통적인 명령규제 방식보다 민주적인 의사결정 과정을 제공한다. 배출권 판매, 매수 등을 자율적으로 판단하여 최선의 방법을 자발적으로 선택할 수 있고 경제 주체의 자율성에 기초한 상호견제 및 협력의 촉진이 가능하다(고수윤, 2011).
배출권거래제도의 단점으로는 거래비용이 수반되고, 복잡한 절차 등으로 각 부분별 소규모 배출자의 시장 참여가 어렵다. 또한 시장 참여자가 충분하지 못할 경우 가격의 변동성(fluctuation)이 발생할 수 있다(신상철, 박현주, 2011)