일반적으로 배출권거래제를 도입하는 목적은 환경보호를 위한 간접적 규제수단으로 경제적 유인제도라 할 수 있다. 특히 온실가스 감축을 위한 배출권거래제도의 도입 배경은 2005년도 발효된 교토의정서에서 찾을 수 있다.
정부는 환경보전 목적을 달성하기 위해 처음에는 환경행정법에서 오염원에 대한 직접 규제수단인 행정명령,행위금지,허가제,환경기준 설정, 환경영향평가, 행정적․형사적 규제, 행정청의 감시감독 등을 통하여 환경보전을 추구하였으나, 직접 규제로 인한 경제적 효율성 저하, 환경적 유효성 측면에서의 한계등 다양한 문제점이 도출됨에 따라 이러한 직접적 규제 수단의 한계를 보완하기 위해 현재와 같은 간접적 규제 수단인 배출권거래제를 포함하는 경제적 수단, 경제적 유인제도가 필요하게 되었다.
경제적 수단인 ‘시장유인제도’(Market-IncentiveMechanism)를 도입하게 됨에 따라 오염원으로 하여금 경제적인 선택을 하게 함으로서 한계비용과 한계편익을 동일시시켜 정태적 효율성을 달성케 하며, 환경오염으로 인한 부담금과 조세 등으로 한계비용을 증가시킴으로써 간접적으로 오염감축을 위한 기술혁신 투자를 유도할 수 있어 동태적 효율성을 충족시킬 수 있다(윤덕근, 2009).
그러나 경제적 수단에 대한 불확실성과 환경적 유효성의 제한이라든지,제3자 보호 등 여러 가지 문제가 있으므로, 직접적 규제 수단과 간접적 규제 수단의장․단점을 잘 보완하여, 환경보호 수단으로 활용되어야 할 것이다.
환경보호를 위한 경제적 수단의 유형으로는 배출권거래제,배출부과금,과징금,환경세 등이 있으며, 유형별 주요 특징을 〔표 1〕에 정리하였다. 배출권거래제는 관리목표로 결정된 배출총량을 배분하고 직접 관리하여, 배출행위에 대한 가격결정이 시장거래를 통해 형성되는 것이고, 배출부과금은 오염원인자에게 행정법상 의무위반에 대하여 금전적 부담을 주는 것으로 과징금 성격과 경제적 강제수단을 동시에 가지고 있다고 볼 수 있다.과징금은 행정상의 의무위반을 했을 경우 행정처분(조업정지 등)에 갈음하여 금전적 부담을 주는 것이며, 마지막으로 환경세는 환경과 조세가 결합된 개념으로 주목적은 환경보
호를 위해 자동차,유류,부담금 및 보조금 등에 부과하는 것이다.